Quyết định này đã góp phần tăng cường quản lý và nâng cao hiệu quả sử dụng tài sản cố định trong các DNNN; là căn cứ pháp lý hướng dẫn nghiệp vụ quản lý và trích khấu hao tài sản cố định đối với các loại hình DN khác; tạo điều kiện cho DN chủ động trong việc quản lý và sử dụng tài sản cố định; khung thời gian sử dụng tài sản cố định đã giúp việc tính toán, phân bổ chi phí khấu hao tài sản cố định vào giá thành sản phẩm được linh hoạt và phù hợp hơn với điều kiện sản xuất kinh doanh của mỗi DN...
Tuy nhiên, bên cạnh những ưu điểm, trong quá trình thực hiện Quyết định trên đã phát sinh một số vướng mắc, bất cập, nhất là trong năm 2008 vừa qua: Một số DN nước ngoài khi đem tài sản vào Việt Nam để góp vốn liên doanh đã nâng giá tài sản lên nhiều lần so với giá trị thực và thực hiện khấu hao nhanh để rút vốn. Đây thực chất là thủ thuật để nhà đầu tư nước ngoài rút vốn của DN Việt Nam. Ngoài ra, các khái niệm liên quan tới tài sản cố định, nguyên giá tài sản cố định, tiêu chuẩn nhận biết tài sản cố định hay nội dung liên quan đến tài sản vô hình, tài sản cố định góp vốn liên doanh… còn chưa được quy định cụ thể làm cho DN lúng túng trong thực hiện.
Mặt khác, cho đến nay vẫn chưa có quy định cụ thể về các nội dung liên quan đến Hội đồng định giá trong một số trường hợp cần phải định giá lại tài sản cố định, các hướng dẫn về việc lập kế hoạch đầu tư, mua sắm, tăng, giảm tài sản cố định… Bên cạnh đó, vẫn còn một số nội dung chưa phù hợp với sự thay đổi của chính sách, chế độ quy định hiện hành như: Luật Thuế thu nhập DN (sửa đổi) mới đây trong đó điều chỉnh theo hướng cho phép các tài sản cố định là nhà nghỉ giữa ca, nhà ăn ca, công trình tiện ích phục vụ công nhân nếu đầu tư bằng vốn sản xuất kinh doanh của DN thì được trích khấu hao nhưng lại chưa có ở Quyết định số 206/2003/QĐ-BTC. Luật Sở hữu trí tuệ đã quy định rõ về một số khái niệm cũng như tính chất của một số tài sản sở hữu trí tuệ có liên quan trực tiếp tới một số tài sản cố định vô hình của DN, nhưng những khái niệm này chưa được đề cập tại chế độ khấu hao hiện hành, nên cần phải điều chỉnh lại cho phù hợp; chưa có quy định về việc xác định thời gian sử dụng đối với những tài sản cố định đã hết khấu hao, được đánh giá lại giá trị tài sản khi DN thực hiện CPH.
Từ những tồn tại nêu trên, rõ ràng việc sửa đổi, bổ sung chế độ quản lý, sử dụng và trích khấu hao tài sản cố định ban hành kèm theo Quyết định số 206/2003/QĐ-BTC là cần thiết nhằm mục đích hoàn thiện các nội dung mà chế độ khấu hao hiện hành đang có vướng mắc; tạo điều kiện cho DN trong việc xác định chi phí khấu hao tài sản cố định để tính thuế thu nhập; hệ thống hóa và sửa đổi, bổ sung các quy định cho phù hợp với các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đã có sự thay đổi…