Theo quy định, nếu DN ký hợp đồng mua hàng với các điều kiện đã bao gồm cước, phí vận tải như: CFR (giá thành đã bao gồm cước), CIF (Cost, Insurance, Freight - tiền hàng, bảo hiểm, cước phí)… Người bán đã tính tất cả các cước, phí liên quan đến lô hàng vào giá thành sản phẩm. Nếu cơ quan hải quan cộng thêm 1 lần nữa các loại phí này vào trị giá hải quan thì vô hình trung phí này đã được cộng vào giá 2 lần. Tại Điểm c, Khoản 2, Điều 15 Thông tư 39/2015/TT-BTC quy định về trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu, trong trường hợp DN mua hàng với điều kiện đã bao gồm cước, phí (CFR, CIF…), nhưng vẫn phải thanh toán cước, phí đó tại đầu Việt Nam thì khi tính trị giá hải quan, cơ quan hải quan phải trừ phần cước, phí mà DN phải thanh toán tại đầu Việt Nam.
Trên thực tế, các phí CIC, DO, vệ sinh container đều là các phí phát sinh sau khi hàng về cảng và thanh toán tại Việt Nam, không phải là phí mà DN trả khi hàng còn chưa đến cảng, chỉ khi DN làm thủ tục nhận container thì hãng tàu mới thu các phí này. Như vậy, đây không phải là loại phí tính vào trị giá hải quan. Bởi, trị giá hải quan là các chi phí phải thanh toán trước khi hàng đến cửa khẩu nhập đầu tiên. Khi hàng đến cảng, các hãng tàu thực hiện thu phí này và phát hành hóa đơn. Nếu cơ quan hải quan yêu cầu cộng thêm phí này vào trị giá tính thuế thì sẽ khiến số thuế VAT của phí này bị nhân đôi vì khi cộng vào trị giá tính thuế trên tờ khai hải quan thì số thuế VAT trên tờ khai sẽ đội lên tương ứng. Nhiều trường hợp, các loại phí này DN chỉ biết chính xác khi làm thủ tục nhận container tại hãng tàu. Như vậy, DN không thể biết chính xác trị giá các phí này là bao nhiêu để khai vào tờ khai và nếu có khai cũng như không có chứng từ đính kèm để chứng minh giá trị mà DN khai là đúng. Do đó, nếu khai không chính xác số phí thì DN phải khai lại.
Ngoài ra, phí CIC/EIS đa phần chỉ phát sinh khi DN nhập hàng từ các nước trong khu vực Đông Nam Á, không phải hãng tàu nào cũng có phí này. Các hãng tàu lớn có lượng hàng xuất khẩu, nhập khẩu ở các nước cân đối thì không xảy ra trường hợp mất cân bằng container nên không phát sinh phí này. Như vậy, nếu phí này liên quan đến vận chuyển thì phải thuộc diện không chịu thuế VAT giống như cước tàu (tức là thuế VAT bằng 0%). Nhưng trong thực tế, phí này đang chịu mức thuế VAT 10%. Cũng tương tự như phí CIC, phí vệ sinh container thông thường, DN cũng chịu mức thuế VAT 10%.
Trước phản hồi của DN, Tổng cục Hải quan đã ban hành thêm một văn bản yêu cầu các cục hải quan tỉnh, thành phố chỉ hướng dẫn DN thực hiện đúng Thông tư 39/2015/TT-BTC. Theo giải thích của Tổng cục Hải quan thì Công văn trên chỉ hướng dẫn chung các cục hải quan tỉnh, thành phố thực hiện theo đúng quy định về việc kiểm tra tính trị giá hải quan. Còn cụ thể về việc tính toán ra sao, cách thức cộng vào trị giá hải quan như thế nào thì Tổng cục Hải quan sẽ rà soát lại và có công văn hướng dẫn cụ thể. Trong thời gian chờ đợi cơ quan hữu quan tính toán, DN sẽ tiếp tục bị thiệt thòi vì phí chồng phí.
