Ban Chỉ đạo có chức năng tham mưu giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ liên quan đến công tác chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (chống khai thác IUU). Bên cạnh đó, chỉ đạo đôn đốc phối hợp với các bộ, ban ngành và địa phương triển khai, thực hiện chống khai thác IUU đáp ứng theo thông lệ quốc tế, các công ước, hiệp định quốc tế mà Việt Nam tham gia, ký kết, phù hợp với quy định của các tổ chức nghề cá trong khu vực và quốc tế về chống khai thác IUU.
Các thành viên Ban Chỉ đạo Quốc gia về IUU hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo Quốc gia về IUU, chịu trách nhiệm bảo đảm các điều kiện hoạt động của Ban Chỉ đạo Quốc gia về IUU; có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ, theo dõi, giám sát, đánh giá kết quả triển khai thực hiện chống khai thác IUU của các bộ, ban ngành và địa phương; tổng hợp, xây dựng báo cáo, trình Trưởng ban Chỉ đạo, Thủ tướng Chính phủ kết quả thực hiện theo định kỳ và đột xuất.
