Các dự án đầu tư phát triển, đặc biệt là các dự án thuộc loại hình sản xuất có nguy cơ cao gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng vẫn được đầu tư tại các khu vực đầu nguồn nước, khu vực có mức độ nhạy cảm cao về môi trường. Rác thải sinh hoạt thì hầu hết chưa được phân loại tại nguồn, năng lực thu gom còn nhiều yếu kém. Trong khi đó, công nghệ xử lý rác thải sinh hoạt vẫn lạc hậu, chưa phù hợp và phần lớn đang được chôn lấp mà tỷ lệ các bãi chôn lấp không đáp ứng yêu cầu bảo vệ môi trường, gây ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng đến đời sống và sức khỏe của người dân, theo ghi nhận của Chính phủ, vẫn là rất lớn.
Hầu hết nước thải sinh hoạt tại các đô thị, khu dân cư chưa được xử lý, xả thẳng ra sông, suối, hồ, ao, kênh, rạch gây ô nhiễm môi trường nguồn nước mặt, có nơi ở mức rất nghiêm trọng, nhất là trong các đô thị lớn như TP Hà Nội, TP Hồ Chí Minh và một số lưu vực sông lớn như sông Cầu, sông Nhuệ - Đáy. Một mối nguy khác là rác thải nhựa phát sinh ngày càng lớn do thói quen sử dụng túi nilon, sản phẩm nhựa dùng một lần, thải bỏ ra môi trường nhưng chưa được thu gom, xử lý. Việc nhập khẩu trái phép chất thải vào Việt Nam dưới danh nghĩa là phế liệu nhập khẩu làm nguyên liệu sản xuất tiềm ẩn nguy cơ cao gây ô nhiễm môi trường, đặc biệt là tồn đọng phế liệu, chất thải tại các cảng biển…
Những lát cắt kể trên không chỉ đặt ra những thách thức gay gắt trong công tác bảo vệ môi trường thời gian tới mà còn cho thấy cả những tồn tại chưa khắc phục được trong quản lý nhà nước về môi trường. Trong đó phải kể đến tư duy ưu tiên cho tăng trưởng kinh tế, thu hút đầu tư bằng mọi giá, xem nhẹ yêu cầu bảo vệ môi trường vẫn tồn tại ở nhiều địa phương dù Chính phủ trong nhiều năm trở lại đây đã có những thông điệp cứng rắn về việc không đánh đổi môi trường lấy tăng trưởng kinh tế.
Năng lực quản lý môi trường ở cả cấp độ quản lý nhà nước và quản trị môi trường của các doanh nghiệp đều đang bộc lộ nhiều yếu kém. Chính phủ cho rằng, mô hình cơ quan quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường cả ở Trung ương và địa phương đều chưa đáp ứng kịp yêu cầu quản lý đối với một lĩnh vực lớn, phức tạp và nhạy cảm ngày một gia tăng đang đặt ra hiện nay. Ở cấp độ địa phương, cơ quan quản lý môi trường thường bị phụ thuộc vào các quyết định thu hút đầu tư dự án (trong đó có cả những dự án có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng) của UBND các cấp mà chưa có ý kiến phản biện độc lập hoặc có ý kiến nhưng cũng rất khó được chấp thuận. Quả thực, khi không có một vị thế độc lập so với chính quyền địa phương thì cơ quan bảo vệ môi trường khó lòng tác động được đến những dự án đầu tư do địa phương quyết định dù có thể nhìn thấy mười mươi những hệ lụy đối với môi trường. Có lẽ đó cũng là lý do vì sao nhiều nước trong khu vực và trên thế giới đã chọn tổ chức cơ quan môi trường theo mô hình độc lập, có hệ thống ngành dọc từ Trung ương xuống địa phương.
Bảo vệ môi trường là vấn đề toàn cầu. Những thách thức với công tác bảo vệ môi trường ở nước ta cũng là thách thức mà nhiều quốc gia đang phát triển khác phải đối mặt. Nhiều chuyển biến tích cực trong công tác bảo vệ môi trường vừa qua cũng đã cho thấy chúng ta đang đi đúng hướng. Như Báo cáo của Chính phủ nhấn mạnh, bức tranh môi trường đã có nhiều mảng sáng. Dù vậy, những thách thức cũng vẫn còn rất lớn, đòi hỏi phải có sự vào cuộc với ý thức trách nhiệm cao nhất của mọi cơ quan, tổ chức và mỗi người dân. Trong đó, Nhà nước phải đi trước, để từ đó làm thay đổi nhận thức và hành vi của người dân đối với bảo vệ môi trường. Những bất cập về mô hình quản lý nhà nước cần sớm được nghiên cứu khắc phục và hơn hết, chính quyền từng địa phương phải thực hiện nghiêm quan điểm của Đảng và Nhà nước về phát triển bền vững, dám dũng cảm từ chối những dự án dù có thể làm cho kinh tế địa phương tăng trưởng, khởi sắc, tạo được dấu ấn trong nhiệm kỳ lãnh đạo, chỉ đạo nhưng sẽ dẫn đến những hệ lụy khôn lường cho các thế hệ tương lai.
