Khu vực nông thôn trên địa bàn tỉnh đang phải đối mặt với tình trạng ô nhiễm môi trường, nhất là ô nhiễm nguồn nước, môi trường đất do rác thải, nước thải chế biến cà phê, dong riềng, sắn, chăn nuôi, vỏ bao thuốc bảo vệ thực vật sau sử dụng...
Để giảm thiểu tình trạng ô nhiễm môi trường nông thôn, các ngành chức năng, các huyện, thành phố đã tăng cường công tác tuyên truyền, vận động nhân dân nâng cao ý thức bảo vệ môi trường nông thôn; hướng dẫn việc thu gom bao gói thuốc bảo vệ thực vật sau sử dụng; xây dựng hệ thống xử lý môi trường đối với các hộ chăn nuôi... Các tổ chức đoàn thể phát động các phong trào, cuộc vận động: “Xây dựng gia đình 5 không, 3 sạch”, “Ngày về nông thôn mới”, “Tuổi trẻ Sơn La chung sức xây dựng nông thôn mới”; in ấn, cấp phát tài liệu, sáng tác tranh cổ động, tờ rơi, tờ gấp, xây dựng cụm pa nô, áp phích với nội dung về bảo vệ môi trường...