Theo đó, tại kết luận việc tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước; chuyển đổi mục đích sử dụng đất từ sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp cổ phần hóa sang kinh doanh đất, xây dựng nhà ở (giai đoạn 2011 - 2021) tại Bộ Giao thông vận tải (GTVT), Thanh Tra Chính phủ đã xác định có nhiều vi phạm trong công tác cổ phần hóa tại Công ty mẹ - VIMC.
Về việc thoái vốn nhà nước, Bộ GTVT là cơ quan đại diện chủ sở hữu đã tham mưu, đề xuất việc bán thoả thuận trực tiếp cho nhà đầu tư, không thực hiện bán đấu giá 49.060.387 cổ phần tại Cảng Quảng Ninh theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 30 Nghị định số 71/2013/NĐ-CP ngày 11/7/2013 của Chính phủ, dẫn đến chưa đảm bảo tính công khai, minh bạch, có hiệu quả, hạn chế tối đa tổn thất; tham mưu, đề xuất thoái 100% vốn nhà nước tại Cảng Quảng Ninh chưa đảm bảo đầy đủ cơ sở, nguyên nhân và hiệu quả của việc thoái vốn, chưa phù hợp với Quyết định số 276/QĐ-TTg ngày 04/02/2013 của Thủ tướng Chính phủ về phê duyệt đề án tái cơ cấu VIMC; tham mưu, đề xuất chuyển Cảng Nha Trang về tỉnh Khánh Hòa chưa phù hợp với Văn bản số 88/TTg-ĐMDN ngày 16/01/2012 và Quyết định số 276/QĐ-TTg ngày 04/02/2013 của Thủ tướng Chính phủ về phê duyệt đề án tái cơ cấu VIMC (theo đó VIMC phải nắm giữ 75% vốn điều lệ).
Để xảy ra tồn tại nêu trên trách nhiệm thuộc Ban chỉ đạo cổ phần hoá Bộ GTVT.
Ngoài ra, kết luận của Thanh tra chính phủ nêu rõ: VIMC xác nhận, đối chiếu không đầy đủ các khoản công nợ phải thu, phải trả khi xác định giá trị doanh nghiệp của Công ty mẹ - VIMC là không đúng với quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011 của Chính phủ; UBND tỉnh Khánh Hòa chậm trả lời phương án sử dụng đất của Công ty TNHH MTV Cảng Nha Trang đối với khu đất số 5 địa chỉ tại số 1A đường Phước Long, phường Vĩnh Nguyên, thành phố Nha Trang là chưa thực hiện đúng với quy định tại điểm a khoản 4 Điều 31 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011 của Chính phủ.
VIMC chậm quyết toán tài chính cổ phần hoá ảnh hưởng đến việc xác định vốn nhà nước tại doanh nghiệp, chưa thực hiện kiên quyết xử lý những vướng mắc để thực hiện cổ phần hoá theo đúng kế hoạch tại Công ty TNHH một thành viên Cảng Hải Phòng (nguyên nhân theo báo cáo của Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam là do vướng mắc về phương án cho thuê cầu số 4, số 5 và bãi container thuộc Bến cảng Chùa Vẽ - Cảng Hải Phòng); Công ty TNHH một thành viên Cảng Sài Gòn (nguyên nhân là do phương án sử dụng đất đối với các cơ sở nhà đất tại Thành phố Hồ Chí Minh chưa được UBND TP. Hồ Chí Minh phê duyệt) là chưa thực hiện đúng khoản 2 Điều 21 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011 của Chính phủ.
Để xảy ra tồn tại nêu trên, trách nhiệm thuộc Công ty mẹ - VIMC, đơn vị tư vấn, Ban chỉ đạo cổ phần hóa Công ty mẹ - VIMC, Bộ GTVT, UBND tỉnh Khánh Hòa, Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp.
Từ đó, Thanh tra Chính phủ có kiến nghị Thủ tướng Chính phủ: Chỉ đạo Bộ GTVT kiểm điểm để xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân lãnh đạo Bộ GTVT có liên quan trong việc để xảy ra các tồn tại, hạn chế, khuyết điểm, vì phạm trong việc tái cơ cấu doanh nghiệp Nhà nước (sắp xếp lại, cổ phần hóa, thoái vốn); việc chuyển đổi mục đích sử dụng đất từ đất sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp Nhà nước, doanh nghiệp cổ phần hóa sang kinh doanh đất, xây dựng nhà ở giai đoạn 2011-2021 đã nêu trong phần kết luận và kết quả thanh tra.
Chỉ đạo Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp kiểm điểm để xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân lãnh đạo Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp có liên quan để xảy ra các tồn tại, hạn chế, khuyết điểm, vi phạm trong việc chậm quyết toán VIMC.
Thanh tra Chính phủ yêu cầu Bộ GTVT: Phối hợp với các bộ, ngành liên quan rà soát và đối chiếu với quy hoạch ngành giao thông vận tải để kiến nghị Thủ tướng Chính phủ biện pháp xử lý cho phù hợp đối với việc chuyển nhượng Cảng Quảng Ninh và Cảng Nha Trang (duy trì mô hình như hiện tại hoặc thu hồi giao cho VIMC quản lý...)
