Kế hoạch là vậy, tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, bên cạnh những kết quả nhất định, việc triển khai vẫn tồn tại một số vướng mắc, khó khăn liên quan đến quy hoạch đô thị và đánh giá phân loại đô thị khi thực hiện sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã là đô thị. Những khó khăn, vướng mắc này, theo đại diện Vụ Chính quyền địa phương, Bộ Nội vụ, có nhiều nguyên nhân như đa dạng về điều kiện tự nhiên, địa hình, dân cư, phong tục tập quán và sự khác biệt về tốc độ đô thị hóa, trình độ phát triển kinh tế - xã hội giữa các đơn vị hành chính.
Bên cạnh đó, còn có những nguyên nhân khác như một số quy định, hướng dẫn còn thiếu, chưa cập nhật, chưa dự báo và bao quát đầy đủ các trường hợp phát sinh trong quá trình sắp xếp. Chưa có hướng dẫn về yêu cầu, quy trình, cách thức bàn giao, xử lý tài liệu, hồ sơ giải quyết thủ tục hành chính đang lưu trữ. Việc xây dựng hệ thống chính sách, chế độ cũng chưa tương xứng, phù hợp. Các văn bản pháp luật, các quy định liên quan đến bố trí, sắp xếp, giải quyết số cán bộ, công chức, viên chức dôi dư chưa thật đầy đủ; mức hỗ trợ chưa thỏa đáng để ổn định đời sống, tạo việc làm mới.
Hơn nữa, sau khi sắp xếp đơn vị hành chính, quy mô dân số và diện tích tự nhiên tăng lên, phạm vi địa bàn quản lý mở rộng, khối lượng công việc, nhu cầu sử dụng dịch vụ công tăng… nhưng số cán bộ, công chức phải cắt giảm theo quy định, các khoản chi cho hoạt động thường xuyên giảm đã tác động không nhỏ đến hiệu quả công tác chỉ đạo, điều hành, quản lý, nhất là tại các huyện, xã thuộc khu vực miền núi, nông thôn có diện tích lớn, địa hình chia cắt, dân cư sinh sống rải rác, giao thông đi lại khó khăn.
Để giải quyết những khó khăn, vướng mắc này, mới đây, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã ban hành Nghị quyết số 50/2024/UBTVQH15 quy định một số nội dung liên quan đến bảo đảm yêu cầu về phân loại, rà soát tiêu chí phân loại đô thị. Về đánh giá trình độ phát triển cơ sở hạ tầng đô thị để thực hiện sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã giai đoạn 2023 - 2025; việc đáp ứng tiêu chuẩn của đơn vị hành chính đô thị hình thành sau sắp xếp trong một số trường hợp cụ thể và một số nội dung tổ chức thực hiện.
Đây là cơ sở pháp lý quan trọng để đẩy nhanh tiến độ thực hiện sắp xếp các đơn vị hành chính. Tuy nhiên, điều quan trọng như ý kiến của một số chuyên gia thì mục tiêu dài hạn khi sắp xếp là nhằm tinh gọn bộ máy, tiết kiệm ngân sách. Nhưng ngay trong giai đoạn sau sắp xếp, cần tập trung bố trí nguồn lực đầu tư để các đơn vị hành chính sớm ổn định tổ chức, hoạt động. Từ đó tạo nền tảng để phát triển kinh tế - xã hội, bảo đảm nâng cao chất lượng cuộc sống của người dân, để người dân cảm thấy được tác dụng, hiệu quả của việc sắp xếp.
Vấn đề nữa là phải thực hiện tốt công tác lập quy hoạch, bố trí, sắp xếp không gian phát triển phù hợp với đặc điểm, thế mạnh của vùng, miền, địa phương. Trên cơ sở đó tập trung ưu tiên các nguồn lực để phát triển kinh tế - xã hội có trọng tâm, trọng điểm và tạo không gian phát triển mới với tư duy mới, giá trị mới, nâng cao đời sống vật chất và tinh thần của người dân. Quá trình này cần thực hiện khoa học, khách quan, công khai, minh bạch.