Ni sư Huỳnh Liên, tên thật là Nguyễn Thị Trừ sinh ngày 19.3.1923 tại làng Phú Mỹ, TP. Mỹ Tho, tỉnh Định Tường, nay là tỉnh Tiền Giang trong một gia đình nông dân Phật giáo. Cha là cụ Nguyễn Văn Vận và mẹ là cụ Lê Thị Thảo. 

Ni sư là con cả trong gia đình gồm 5 chị em gái. Thuở nhỏ, ni sư được gia đình cho ăn học đến hết trung học tại quê nhà. Do hoàn cảnh gia đình khó khăn về kinh tế, ni sư buộc phải nghỉ học. Nhờ người cậu ruột là Lê Quý Đàm - người đã tham gia cách mạng từ những năm 1930, đảng viên Đảng Cộng sản Đông Dương, theo học tại Trường Cao đẳng Hà Nội về quê dưỡng bệnh, dạy thêm về văn hóa và giúp đỡ tiếp cận với tư tưởng yêu nước và đấu tranh cách mạng. 

Lớn lên trong điều kiện đất nước bị thực dân Pháp đô hộ, mặc dù là một phật tử tu tại gia, Huỳnh Liên không chịu nổi những nghịch cảnh hàng ngày xảy ra quanh mình. Năm 1943, tròn 20 tuổi, chị vào tu tại Phật đường Minh Sự với hy vọng thoát khỏi trần tục. Năm 1945, hưởng ứng Lời kêu gọi của Lãnh tụ Nguyễn Ái Quốc, cũng như đồng bào cả nước, ni sư cùng chị em trong vùng dũng cảm tiến lên dưới ngọn cờ của Mặt trận Việt Minh giành chính quyền ở địa phương. Ngày 23.9.1945, chưa đầy một tháng sau ngày Hồ Chủ tịch đọc Tuyên ngôn Độc lập, núp dưới quân đội Anh vào giải giáp ở Sài Gòn, thực dân nổ súng hòng cướp nước ta một lần nữa. Và cuộc kháng chiến chống Pháp của Nhân dân ta bắt đầu. Ni sư Huỳnh Liên trở về với am tranh của người dì ở Phú Mỹ để ẩn mình. 

Ngày 1.4.1947, ni sư làm lễ xuất gia tại Linh Hữu Từ, làng Phù Mỹ với pháp danh Huỳnh Liên. Nhờ thông minh và chăm học, chăm làm, ni sư được đức Tổ sư truyền đạo trực tiếp và ủy thác cho ni sư tiếp chúng độ ni. Đến khi Tổ sư vắng bóng, ni sư được kế tục chí nguyện Tổ sư. Ni sư kiên trì hướng dẫn tập thể ni chúng theo đạo pháp. Sau 44 năm, ni sư đã xây dựng thành công hệ thống 72 ngôi Tịnh xá đạo tràng, 72 thảm đất vàng từ miền Trung trở vào, quy tụ hàng nghìn ni chúng, hàng vạn tín đồ. Riêng Tịnh xá Ngọc Phương - trụ sở của khất sĩ ni giới Việt Nam, là nơi tập trung đông nhất.

Ni sư Huỳnh Liên đã dấn thân vào con đường đấu tranh trong những năm tháng của cuộc chiến tranh chống Mỹ, thống nhất đất nước. Năm 1963, với tư cách là người đứng đầu ni giới khất sĩ, ni sư đã lãnh đạo toàn ni giới tham gia phong trào đấu tranh đòi tự do tín ngưỡng và quyền dân sinh, dân chủ của Phật giáo, của sinh viên, học sinh Sài Gòn - Gia Định. Phong trào lan tỏa nhanh và phát triển mạnh ở các tỉnh Trung bộ như: Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Gia Lai, Kon Tum và các tỉnh Nam bộ như: Cần Thơ, Sa Đéc, Sóc Trăng.

Song mốc thời gian đánh dấu bước phát triển toàn diện các hoạt động yêu nước của mình là việc ni sư tham gia thành lập và giữ vai trò cố vấn cho phong trào “Phụ nữ đòi quyền sống” do luật sư Ngô Bá Thành làm Chủ tịch, ra mắt tại chùa Ấn Quang ngày 2.8.1970.

Là người phụ nữ thông minh, hiểu biết rộng, có nhiều sáng kiến, ni sư đã liên tiếp tổ chức thành công nhiều hoạt động gây tiếng vang lớn ở trong nước và trên thế giới như: ngày 18.10.1970, ni sư khởi xướng lễ “Xuống tóc vì hòa bình” thành công và được Chủ tịch Ủy ban Trung ương Mặt trận dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam đánh giá cao vì “nó tác động mạnh mẽ đến gia đình viên chức và binh sĩ ngụy”. Ngày 25.10.1970, cùng với lực lượng các giới, ni sư tham gia mít tinh chống Mỹ và chính quyền tay sai. 

Ngày 7.11.1970, ni sư tổ chức mít tinh ra Tuyên ngôn 10 điểm vì hòa bình của Mặt trận dân tộc tranh thủ hòa bình. 

Ngày 22.11.1970, ni sư cùng với Ban lãnh đạo phong trào thành lập Chi nhánh phong trào đòi quyền sống Phụ nữ ở Cần Thơ. 

Ngày 1.1.1971, ni sư tham gia cùng phong trào học sinh, sinh viên, phong trào dân tộc tự quyết, Ủy ban Cải thiện chế độ lao tù tổ chức mít tinh, diễu hành đòi thả tù chính trị.

Ngày 5.1.1971, phối hợp với Hội Phụ nữ quốc tế, ni sư lên án chiến tranh, đòi lập lại hòa bình ở Việt Nam.

Từ đầu năm 1971 đến ngày 18.11.1971, ni sư liên tục cùng với các giới đấu tranh đòi chính quyền Sài Gòn giải quyết các yêu sách chính đáng của từng giới. Từ đó, danh hiệu hình ảnh các nhà sư nữ đi vào lịch sử đấu tranh anh hùng, bất khuất của phụ nữ Việt Nam chống đế quốc Mỹ xâm lược thế kỷ XX được cả thế giới biết đến với sự kính trọng và khâm phục. 

Tịnh xá Ngọc Phương bị hàng rào kẽm gai và binh lính ngụy phong tỏa ngày đêm, cấm hai “nữ tướng” ni sư Huỳnh Liên và Ngoạt Liên ra khỏi tịnh xá. Dù bao vây nghiêm ngặt, hai vị đã băng qua kẽm gai, vượt khỏi hàng rào binh lính, đưa đội ngũ các nhà sư nữ ra ngoài tham gia các cuộc đấu tranh của các tầng lớp nhân dân, tập trung trước Nhà hát lớn Sài Gòn phản đối ngụy quyền phong tỏa Tịnh xá Ngọc Phương, yêu cầu thả tù chính trị, các nhân sĩ yêu nước, sinh viên học sinh đã bị bắt. 

Bên ngoài đấu tranh công khai với Mỹ - Ngụy, bên trong Tịnh xá Ni trưởng nuôi giấu cán bộ cách mạng, giúp đỡ tài chính cho các cơ sở cách mạng. 

Từ cuối năm 1971 đến năm 1975, phong trào đấu tranh tiếp tục, diễn ra sôi động với mục tiêu rõ rệt là đòi quyền dân sinh, dân chủ, đòi tự do ngôn luận, tự do báo chí, đòi thực hiện Hiệp định Paris, đòi hòa bình, hòa giải, hòa hợp dân tộc. Trong giai đoạn đấu tranh quyết liệt đó, nổi bật những thời điểm đáng nhớ như: 

Ngày 4.10.1974, ni sư dẫn đầu đội quân gồm các nhà sư nữ phối hợp với Ủy ban Chống tịch thu báo chí tổ chức mít tinh tại Chợ Bến Thành để phản đối chính quyền tịch thu báo và tiến hành “đọc báo nói cho đồng bào tôi nghe” qua loa đài đã thu hút hàng nghìn người tham gia làm cho địch lo sợ. 

Ngày 10.10.1974, ni sư tham gia “Ngày ký giả ăn mày”, mang bị gậy diễu hành quanh Chợ Bến Thành rồi đến mít tinh trước Hạ nghị viện, gây ra trận xung đột lớn giữa binh lính ngụy và đoàn biểu tình, tạo tiếng vang lớn ở trong nước cũng như trên thế giới. 

Chiến tranh leo thang, mở rộng và ngày càng ác liệt, số người nghèo khó, mồ côi, tàn tật ngày càng đông. Với tinh thần tích cực nhập thế, ni sư đặc biệt quan tâm chăm lo con đường từ thiện xã hội: nhận nuôi dưỡng hàng trăm trẻ mồ côi, mở trường dạy học từ thiện miễn phí cho nhiều địa phương; vận động các đệ tử tham gia úy lạo các bệnh viện, khám đường, chăm sóc các gia đình thương binh, liệt sĩ cách mạng. Sự nghiệp từ thiện nhân đạo của Ni trưởng càng được đẩy mạnh và mở rộng sau ngày thống nhất đất nước.

Với uy tín, đức độ được Nhân dân thừa nhận, Ni sư trưởng Huỳnh Liên, hiện thân của sự gắn kết đạo với đời, được Nhà nước cử đi dự Đại hội Phụ nữ thế giới họp tại Berlin của Cộng hòa Dân chủ Đức; dự Đại hội Tôn giáo thế giới vì hòa bình ở Moscow và đi thăm Mông Cổ.

Ni sư trưởng Huỳnh Liên là đại biểu Quốc hội Khóa VI, khóa đầu tiên khi đất nước thống nhất; là Ủy viên Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam các Khóa I và II; Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam; Phó Chủ tịch Ủy ban MTTQ Việt Nam TP. Hồ Chí Minh; Phó Chủ tịch Ủy ban Bảo vệ hòa bình thế giới của TP. Hồ Chí Minh.

Năm 1986, ni sư là Ủy viên Ban Vận động thống nhất Phật giáo Việt Nam và tại Đại hội, ni sư được bầu làm Ủy viên kiểm soát.

Ngày 16.4.1987, Ni sư trưởng Huỳnh Liên vĩnh biệt cõi trần, thọ 65 tuổi.