Giai đoạn 2031 - 2035, dự kiến hoàn thành 301km metro gồm tuyến số 1, số 2A kéo dài đến Xuân Mai, số 4, 6, 7, 8 và tuyến kết nối các đô thị vệ tinh. Nhu cầu vốn đầu tư làm metro trong giai đoạn này khoảng 22,5 tỷ USD. Giai đoạn 2036 - 2045, sẽ hoàn thành hơn 200km metro các tuyến, đoạn tuyến điều chỉnh, bổ sung theo Quy hoạch Thủ đô và Quy hoạch chung Thủ đô điều chỉnh được phê duyệt với tổng nhu cầu vốn khoảng 18,2 tỷ USD.
Như vậy, chỉ riêng giai đoạn 2024 - 2030 và 2031 - 2035, dự kiến thành phố hoàn thành tới 10 tuyến metro với tổng chiều dài gần 400km. Theo đánh giá của nhiều chuyên gia, mục tiêu này được cho là thách thức rất lớn bởi thực tế, các dự án đường sắt đô thị đã triển khai tại Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh đều phải mất tới 10 - 15 năm mới hoàn thành và kèm theo đó là số vốn đầu tư phải điều chỉnh cũng tăng rất nhiều.
Cụ thể, dự án metro Nhổn - ga Hà Nội khởi công năm 2010 theo kế hoạch sẽ hoàn thành năm 2016 với tổng mức đầu tư trên 18.000 tỷ đồng nhưng sau nhiều lần điều chỉnh, tổng mức đầu tư lên tới 30.000 tỷ đồng, tăng 67%. Dù số vốn tăng như vậy nhưng phải đến năm 2029 mới hoàn thành. Hay như với tuyến Cát Linh - Hà Đông, được khởi công từ năm 2011 với tổng vốn đầu tư gần 9.000 tỷ đồng, dự kiến hoàn thành trong hơn 3 năm nhưng phải sau 10 năm mới chính thức vận hành, với 12 lần lỡ hẹn, số vốn tăng thêm tới 300 triệu USD, nâng tổng vốn đầu tư dự án lên hơn 18.000 tỷ đồng, gần gấp đôi dự kiến ban đầu.
Tương tự, tại TP. Hồ Chí Minh, tuyến số 1 Bến Thành - Suối Tiên triển khai từ năm 2012, tổng vốn trên 17.000 tỷ đồng, theo kế hoạch sẽ hoàn thành năm 2018 nhưng kéo dài 6 năm phải đến năm 2024 mới có thể vận hành và số vốn tăng lên gần 44.000 tỷ đồng, đội vốn trên 150%.
Đã có nhiều lý do, cả khách quan và chủ quan được đưa ra để giải thích cho việc các dự án metro được triển khai thời gian qua bị đội vốn, chậm tiến độ. Tuy nhiên, phải thẳng thắn rằng, nguyên nhân chủ yếu và trước hết là do trách nhiệm của cơ quan chức năng, nhất là trong việc nghiên cứu, quy hoạch, chọn đối tác, đầu tư, thiết kế, tư vấn, xây dựng, thẩm định, dự toán, quản lý, tổ chức đấu thầu…
Tại các đô thị lớn, nhất là với Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh, giao thông công cộng ngày càng có vai trò quan trọng, trong đó hệ thống đường sắt đô thị được coi là trục xương sống của mạng lưới kết cấu hạ tầng giao thông. Vậy nên, yêu cầu đặt ra khi thực hiện Đề án này đó là cần có cơ chế, chính sách đột phá; có tư duy mới, khung pháp lý mới "may đo" riêng, vượt trội để giải quyết các vấn đề quy hoạch, giải phóng mặt bằng, thu hồi đất cũng như huy động nguồn vốn; trình tự, thủ tục thực hiện đầu tư; quy chuẩn, tiêu chuẩn kỹ thuật, công nghệ; mô hình tổ chức, quản lý, nguồn nhân lực.
Nếu không, các mục tiêu của Đề án sẽ không thể thực hiện được. Hoặc nếu có thực hiện cũng rất dễ đi vào “vết xe đổ” của các dự án trước. Thậm chí như Phó Chủ tịch UBND TP. Hà Nội Dương Đức Tuấn đã từng nhấn mạnh là khi nhìn nhận cả quá trình đầu tư, tuyến metro Nhổn - ga Hà Nội, Cát Linh - Hà Đông mất từ 10 - 15 năm. Trường hợp nếu làm 10 tuyến metro như trong Đề án theo phương thức từng tuyến một thì phải mất 100 năm may ra mới hoàn thành.