Theo kết luận này, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch có nhiều thiếu sót, vi phạm trong vấn đề thực hiện pháp luật về tiếp công dân; thực hiện pháp luật về khiếu nại, tố cáo; quản lý, sử dụng tài chính, sử dụng tài sản được giao.
Đặc biệt, về việc quản lý các nguồn thu hoạt động sự nghiệp, sản xuất kinh doanh, dịch vụ, tài chính và hoạt động khác, kết luận của Thanh tra TP. Hồ Chí Minh cho biết Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch có nguồn thu từ việc thu học phí các lớp đại học chính quy, các hoạt động đào tạo dịch vụ (sau đại học, các hệ đào tạo liên kết quốc tế, các lớp đào tạo liên tục), nguồn thu từ phòng khám đa khoa... Doanh thu năm 2022 là 463.670.568.076 đồng, doanh thu năm 2023 là 449.346.335.552 đồng.
Quy chế chi tiêu nội bộ hàng năm của trường có xây dựng tỷ lệ phân bổ chi phí theo doanh thu của các lớp đào tạo, định mức chi thù lao, phụ cấp đối với các hoạt động phục vụ cho công tác giảng dạy, đào tạo, tuyển sinh, phòng khám đa khoa... và trích lập các quỹ theo quy định.
Tuy nhiên, trường chưa xây dựng được biểu giá học phí theo quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ-CP của Chính phủ (do chưa xác định được chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chi phí quản lý và khấu hao tài sản cố định, chi phí khác theo quy định của pháp luật về giá), nên xây dựng mức thu học phí theo khung học phí quy định tại Nghị định số 81/2021/NĐ-CP ngày 27.8.2021 của Chính phủ quy định về cơ chế thu, quản lý học phí đối với các cơ sở giáo dục quốc dân. Hàng năm, Hội đồng Trường có ban hành Nghị quyết thông qua mức tạm tính cơ cấu giá dịch vụ giáo dục đào tạo và mức thu học phí áp dụng cho từng năm học.
Trong khi đó, ngày 20.12.2022, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 165/NQ-CP, tại khoản 2 quy định: “Đối với học phí của các cơ sở giáo dục đại học và các cơ sở giáo dục nghề nghiệp công lập: Giữ ổn định mức thu học phí năm học 2022 - 2023 bằng mức thu học phí của năm học 2021 - 2022 do cơ sở giáo dục đã ban hành theo quy định của Nghị định số 81/2021/NĐ-CP...”.
Thanh tra TP. Hồ Chí Minh cho hay, qua rà soát đã ghi nhận mức thu học phí của năm học 2022 - 2023 có tăng so với năm học 2021- 2022. Trường chưa thực hiện hoàn trả phần học phí được điều chỉnh giảm cho người học theo quy định tại Nghị quyết số 165/NQ-CP nêu trên.
Trường không hạch toán các nguồn thu, các khoản chi theo từng nội dung thu mà tách theo từng loại doanh thu vào năm tài chính 2022. Theo kết luận, việc này là chưa thực hiện đúng theo quy định.
Chánh Thanh tra TP. Hồ Chí Minh kiến nghị Chủ tịch UBND thành phố giao Hiệu trưởng Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của tập thể và cá nhân có liên quan đến các thiếu sót, sai phạm theo nội dung kết luận thanh tra theo thẩm quyền quản lý. Qua kiểm điểm, tùy theo tính chất mức độ sai phạm mà có hình thức xử lý phù hợp, đúng quy định; chấn chỉnh và có kế hoạch cụ thể khắc phục các hạn chế, thiếu sót, sai phạm được chỉ ra tại kết luận thanh tra.
Về phần học phí, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch cần ban hành Kế hoạch thực hiện và Thông báo điều chỉnh mức thu học phí năm học 2022 - 2023 bằng với mức thu học phí năm học 2021 - 2022 theo quy định tại Nghị quyết số 165/NQ-CP ngày 20.12.2022 của Chính phủ; Công bố rộng rãi và rà soát, lập danh sách hoàn trả chênh lệch học phí cho sinh viên theo quy định.
