Quyền và thực quyền
Từ thực tế vận hành hệ thống các quy định về sáng kiến lập pháp và trưng cầu ý dân ở Philippines, có thể thấy còn rất nhiều vấn đề phải giải quyết để quyền chính đáng của người dân trở thành thực quyền.
Những sơ suất cần tránh 
Quy trình sáng kiến lập pháp và trưng cầu ý dân là việc thực thi quyền lực đặc biệt của người dân nên luật phải chặt chẽ và rõ ràng để tránh tình trạng quy trình đó không được Hiến pháp công nhận. Tuân theo quy định của Hiến pháp và pháp luật là bắt buộc vì bất kỳ sai sót nào về thủ tục đều có thể khiến toàn bộ quy trình đó không có giá trị. Kinh nghiệm của Philippines cho thấy những sơ suất thường xuyên xảy ra:
Sơ suất của những người đề xướng là không chuẩn bị dự thảo sửa đổi Hiến pháp và trình toàn văn bản dự thảo này cho người dân trước khi họ ký tên đề nghị. Đây là một trong những lý do mà Tòa án Tối cao viện dẫn để đưa ra phán quyết quy trình này không phù hợp với quy định của Hiến pháp. Tòa án cho rằng người dân cần phải ký tên vào đề nghị của mình nên người đề xuất phải “chuẩn bị đề xuất và xin chữ ký vào đề xuất đó”.
Thiếu sót của cơ quan đăng ký bầu cử địa phương trong việc xác minh chữ ký của những người đề xuất theo yêu cầu của pháp luật là một trong những vấn đề đặt ra đối với sáng kiến lập pháp của người dân. Đã có trường hợp chữ ký được thu thập tại ít nhất 9 tỉnh để làm căn cứ đề xuất sáng kiến lập pháp đã không được xác minh đúng hoặc không được xác minh bởi các cán bộ phụ trách của Ủy ban Bầu cử.
Cảnh giác với động cơ chính trị
Để thúc đẩy lợi ích riêng của mình, đặc biệt là trong việc nỗ lực mở rộng quyền hạn, các chính trị gia có thể lợi dụng các sáng kiến lập pháp của người dân. Năm 1996, một nhóm lấy tên là “Pirma” đã kêu gọi sửa đổi Hiến pháp nhằm cho phép Tổng thống đương nhiệm (Fidel Ramos) được tái tranh cử trong khi đây là điều bị cấm theo quy định của Hiến pháp Philippines. Sau này, những người đề xuất sáng kiến sửa đổi Hiến pháp đã bị phát hiện có liên kết với Tổng thống và được những người ủng hộ Tổng thống trả tiền để thúc đẩy sáng kiến trên.
Điều này cũng từng xảy ra trong một vụ đề xuất sửa đổi Hiến pháp năm 2006. Khi đó, những người đề xuất sáng kiến sửa đổi Hiến pháp, cho phép chuyển từ chế độ Tổng thống sang chế độ nghị viện không phải vì lợi ích quốc gia mà do được tài trợ bởi những người ủng hộ Tổng thống Gloria Macapagal-Arroyo. Họ muốn sửa đổi Hiến pháp để sau khi mãn nhiệm Tổng thống, bà Gloria Macapagal-Arroyo có thể tiếp tục nắm quyền với chức danh Thủ tướng.
Để người dân ý thức được quyền của mình
Phải mất thời gian để người dân hiểu một cách đầy đủ về sáng quyền lập pháp và trưng cầu ý dân. Ngay cả khi Philippines là quốc gia có tổ chức xã hội dân sự hoạt động sôi động bậc nhất ở châu Á, thì đến bây giờ các tổ chức này cũng chỉ mới bắt đầu nhận ra tiềm năng của sáng kiến lập pháp và trưng cầu ý dân là công cụ để thúc đẩy quyền lợi của mình mặc dù Hiến pháp đã quy định và công nhận tầm quan trọng của việc thực hiện sáng kiến lập pháp và trưng cầu dân ý trong việc quản trị nhà nước.
Khắc phục khó khăn tài chính
Một trong những trở ngại khiến những kiến nghị về sáng kiến lập pháp và trưng cầu ý dân không thành công là khó khăn về tài chính để tiến hành thu thập chữ ký. Trừ khi có một tổ chức chính trị lớn hay công ty tư nhân đỡ lưng cho nỗ lực này, cơ hội thành công đối với sáng kiến lập pháp do một công dân bình thường khởi xướng là rất thấp. Đây có thể là lý do vì sao không một sáng kiến lập pháp cấp quốc gia nào thành công tại Philippines, mặc dù các quy định về vấn đề này đã có hiệu lực trên 25 năm. Chỉ có một trường hợp duy nhất sáng kiến lập pháp thu thập được đầy đủ số lượng chữ ký trên toàn quốc, nhưng là nhờ có sự hỗ trợ của các chính trị gia. Vì vậy, đã có nhiều gợi ý về việc chính phủ nên hỗ trợ về tài chính cho các đề xuất thông qua luật để thực hiện quy định của Hiến pháp. Tất nhiên, cùng với đó cũng phải có các quy định nhằm ngăn chặn các chính trị gia lạm dụng việc hỗ trợ tài chính để phục vụ mục đích chính trị.
Bên cạnh đó, điều quan trọng là cơ quan được giao nhiệm vụ quản lý hoặc giám sát sáng kiến lập pháp và trưng cầu ý dân phải được cung cấp đủ nguồn lực để thực hiện nhiệm vụ. Nếu các cơ quan này chưa được hỗ trợ về các nguồn lực tài chính, kỹ thuật và nhân lực cần thiết để tổ chức trưng cầu ý dân và sáng kiến lập pháp thì quyền tối thượng này của người dân sẽ vẫn còn là hình thức.