Đại diện Học viện Quân y cho biết, năm 2025, Nhà trường được Bộ Quốc phòng giao nhiệm vụ tuyển sinh 630 sinh viên, học viên hệ dân sự, từ đại học đến tiến sĩ, chuyên khoa cấp I, II.
Cụ thể, với hệ đại học, Học viện Quân y tuyển 280 sinh viên ở ba ngành: Y khoa; Dược sĩ và Y học dự phòng. Trong đó, Y khoa tuyển 200 sinh viên, hai ngành còn lại tuyển 40 sinh viên/ngành.
Với hệ đào tạo sau đại học, trình độ thạc sĩ, Học viện Quân y tuyển 80 học viên ở 13 ngành: Ngoại khoa; Nội khoa; Khoa học y sinh; Bệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới; Điện quang và y học hạt nhân; Y học cổ truyền; Y học dự phòng; Y học công cộng; Tai mũi họng; Khoa học thần kinh; Sản phụ khoa; Phẫu thuật tạo hình, Tái tạo và thẩm mỹ; Công nghệ dược phẩm và bào chế thuốc.
Với trình độ tiến sĩ, Học viện Quân y tuyển 50 học viên ở 16 ngành: Ngoại khoa; Nội khoa; Khoa học y sinh; Bệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới; Ung thư; Y học cổ truyền; Y học dự phòng; Quản lý y tế; Dịch tễ học; Phẫu thuật tạo hình, tái tạo và thẩm mỹ; Khoa học thần kinh; Dược lý và độc chất; Tổ chức quản lý dược; Công nghệ dược phẩm và bào chế thuốc; Hồi sức cấp cứu và chống độc; Gây mê hồi sức.
Số chỉ tiêu còn lại, Học viện Quân y tuyển bác sĩ chuyên khoa cấp I và cấp II. Trong đó, bác sĩ chuyên khoa cấp I tuyển nhiều hơn với 120 chỉ tiêu cho 20 ngành học, bác sĩ chuyên khoa cấp II tuyển 80 chỉ tiêu cho 18 ngành học. Phương thức tuyển sinh, tổ hợp xét tuyển sẽ được công bố sau.
Chỉ tiêu tuyển sinh hệ dân sự của Học viện Quân y như sau:

Trước đó, từ năm 2002 - 2018, Học viện Quân y từng tuyển sinh hệ dân sự nhưng sau đó dừng theo Nghị quyết 19 của Ban chấp hành Trung ương Đảng để thực hiện chủ trương đổi mới, sắp xếp tổ chức các đơn vị quân đội.
Đến năm 2025, Bộ Quốc phòng đã xây dựng đề án đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao phục vụ công nghiệp hóa, hiện đại hóa. Từ đó, Học viện Quân y và nhiều trường quân đội khác được phép tuyển sinh lại hệ dân sự.
Ngoài Học viện Quân y, nhiều trường quân đội khác cũng sẽ tuyển sinh hệ dân sự trở lại từ năm nay. 14 trường này bao gồm: Học viện Chính trị, Hậu cần, Kỹ thuật quân sự, Khoa học quân sự, Trường Sĩ quan Thông tin, Đại học Văn hóa Nghệ thuật Quân đội, Cao đẳng Hậu cần 1 và 2, Cao đẳng Công nghiệp quốc phòng, Viện Y học cổ truyền quân đội, Viện Lịch sử quân sự, Viện Nghiên cứu Khoa học y dược lâm sàng 108, Trường Sĩ quan Kỹ thuật quân sự và Viện Khoa học và Công nghệ quân sự.