Bên cạnh những tồn tại vi phạm về công tác ký kết và thực hiện hợp đồng xây lắp, hợp đồng thi công xây dựng công trình...cơ quan thanh tra còn chỉ rõ sai sót trong công tác lập, thẩm định phê duyệt dự toán giá gói thầu dẫn đến giá trị dự toán gói thầu sai tăng tổng cộng hơn 32 tỷ đồng.
Thanh tra việc chấp hành pháp luật trong hoạt động đầu tư xây dựng của Ban Quản lý các dự án Đường thuỷ - Bộ Giao thông Vận tải (cũ), Thanh tra Bộ Xây dựng chỉ ra nhiều tồn tại, vi phạm tại dự án đầu tư xây dựng công trình Nâng cấp tuyến kênh Chợ Gạo; dự án Nâng cao tĩnh không các cầu đường bộ cắt qua tuyến đường thủy nội địa quốc gia - giai đoạn 1 (khu vực phía Nam).
Theo Cục Quản lý đầu tư xây dựng (Bộ Giao thông Vận tải), dự kiến trong tháng 4.2023, các chủ đầu tư/ban quản lý dự án sẽ sớm hoàn thiện các thủ tục đầu tư để khởi công, hoàn thành nhiều dự án.