Tổng Biên tập Tạp chí PetroTimes Nhà báo Phạm Thuận Thiên cho biết, năm 2014, Quốc hội đã ban hành Luật thuế 71/2014/QH13 (gọi tắt là Luật thuế 71) sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế, có hiệu lực từ 1.1.2015. Tại Khoản 1, Điều 3, Luật này quy định các mặt hàng phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp không phải chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT).
Tuy nhiên, ngay sau khi triển khai thực hiện, Luật thuế 71 đã nảy sinh nhiều bất cập, khiến giá bán phân bón trong nước không những không giảm mà còn tăng bởi phải gánh phần thuế GTGT đầu vào mà doanh nghiệp không được hoàn thuế do không có thuế GTGT đầu ra; tạo ra sự cạnh tranh thiếu công bằng giữa hàng sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu; ngành sản xuất phân bón trong nước mất động lực phát triển, có nguy cơ đi thụt lùi; ngân sách nhà nước thất thu...
Từ những bất cập nêu trên, Chính phủ xây dựng Dự thảo Luật Thuế GTGT sửa đổi đã được đưa ra thảo luận, dự kiến thông qua tại Kỳ họp thứ 8, Quốc hội khóa XV. Trong đó, phương án áp thuế GTGT 5% đối với phân bón đã nhận được sự đồng tình, ủng hộ của nhiều Đại biểu Quốc hội cũng như các chuyên gia, nhằm bảo đảm cạnh tranh giữa phân bón sản xuất trong nước và phân bón được nhập khẩu, vì lợi ích người nông dân, sự phát triển bền vững của nền nông nghiệp nước nhà.
Đại biểu Quốc hội Trịnh Xuân An, Ủy viên Thường trực Ủy ban Quốc phòng và An ninh của Quốc hội cho rằng, liên quan đến Khoản 3, Điều 15 của Dự thảo - Các trường hợp hoàn thuế "... Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT 5%, trừ hoạt động thanh lý tài sản nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 4 quý liên tiếp thì được hoàn thuế GTGT".
“Theo quan điểm ban soạn thảo thì việc có từ “chỉ” sẽ thu hẹp lại đối tượng được hoàn. Tuy nhiên, ý kiến của các đại biểu Quốc hội rất băn khoăn như thế bù trừ cho phần hoàn của 10% và 5% rất phức tạp, dẫn đến chênh quá bị tồn đọng, ảnh hưởng đến doanh nghiệp. Về ý kiến cá nhân tôi, không nên dùng từ “chỉ”, đồng thời có phương pháp hài hòa để giải quyết phương án hoàn thuế phù hợp” - Đại biểu Quốc hội Trịnh Xuân An kiến nghị.
Theo Chuyên gia kinh tế PGS. TS. Đinh Trọng Thịnh, nếu áp thuế GTGT 10% hoặc 0% thì người nông dân sẽ không được lợi gì, mà còn bị thiệt thòi. Bên cạnh đó, Nhà nước cũng không thu được thuế từ sản xuất trong nước lại càng không thu được thuế từ doanh nghiệp nước ngoài.
Do đó, đánh thuế 0% không được mà 10% thì quá cao. Trong giai đoạn 2013 - 2014, qua khảo sát 4 doanh nghiệp phân bón lớn, giá đầu vào phân bón nhập vào là khoảng 3 - 4%. Nên áp thuế 5% vào phân bón có cơ sở đủ để khấu trừ phần chiết khấu thuế đầu vào cũng không làm tăng giá trị phân bón quá nhiều.
Chánh Văn phòng Hiệp hội Phân bón Việt Nam Lê Văn Ngân cho biết, hiện nay, một số nhà máy phân bón lớn là thành viên của Hiệp hội thì dây chuyền sản xuất vẫn rất lạc hậu. Để giúp các doanh nghiệp phân bón trong nước cải thiện dây chuyền sản xuất, quy trình công nghệ, cũng như quá trình nghiên cứu, cải thiện sản phẩm, cần có sự điều chỉnh về thuế GTGT theo hướng của các đại biểu đã phân tích là đưa thuế GTGT từ diện không chịu thuế về diện chịu thuế GTGT 5%. Khi đó, doanh nghiệp được khấu trừ đầu vào sẽ có động lực đầu tư vào dây chuyền sản xuất mới, hiện đại.
Hiện nay, trên thế giới, các đơn vị sản xuất phân bón ứng dụng khoa học công nghệ rất hiện đại, giúp tăng năng suất sản xuất, giảm chi phí giá thành sản phẩm. Chính vì vậy, khi áp dụng quy định thuế GTGT 5% chắc chắn doanh nghiệp sẽ đầu tư vào công nghệ.
Từ đó, giúp Việt Nam có thêm các sản phẩm phân bón thế hệ mới, công nghệ cao, thân thiện với môi trường, đặc biệt trong bối cảnh Việt Nam là một nước nông nghiệp, nông dân chiếm phần lớn. Khi đó, sẽ có những cải tiến về năng suất, chất lượng nông sản, sản phẩm của Việt Nam đi ra thế giới sẽ dễ dàng hơn.
“Tôi cho rằng việc áp thuế GTGT 5% sẽ giúp doanh nghiệp có động lực đổi mới, để phân bón Việt Nam có thể cạnh tranh sòng phẳng với các doanh nghiệp phân bón thế giới và doanh nghiệp nhập khẩu phân bón” - ông Lê Văn Ngân nhận định.