Tuy nhiên, công tác quản lý nhà nước về lý lịch tư pháp cũng đang còn không ít vướng mắc như tình trạng tồn đọng thông tin lý lịch tư pháp chưa được xử lý, cập nhật vào cơ sở dữ liệu ở cả Trung ương và địa phương vẫn còn nhiều. Một số địa phương còn có khó khăn và chậm trễ trong giải quyết một số trường hợp người yêu cầu cấp Phiếu Lý lịch tư pháp đủ điều kiện đương nhiên xóa án tích theo quy định của Bộ luật Hình sự 2015.
Để tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc trong thực hiện cơ chế phối hợp trao đổi, cung cấp thông tin về án tích, Bộ Tư pháp cho biết sẽ tiếp tục phối hợp chặt chẽ với Tòa án Nhân dân Tối cao, Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng để chỉ đạo các cơ quan liên quan thuộc bộ, ngành mình triển khai nghiêm túc, hiệu quả các quy định của pháp luật về lý lịch tư pháp; đồng thời Bộ Tư pháp đề nghị Ủy ban Nhân dân tỉnh/thành phố tiếp tục quan tâm, chỉ đạo đối với cơ quan công an và đề nghị cơ quan tòa án, Viện Kiểm sát tại địa phương thực hiện tốt hơn nữa các quy định của pháp luật về lý lịch tư pháp, bảo đảm cung cấp thông tin đầy đủ, kịp thời cho Sở Tư pháp để phục vụ xây dựng cơ sở dữ liệu và cấp Phiếu Lý lịch tư pháp.