Theo chỉ đạo của Tổng cục Hải quan, việc vận chuyển và tiêu hủy chất thải phải được thực hiện theo đúng quy định tại Luật Bảo vệ môi trường và các văn bản hướng dẫn liên quan. Cơ quan Hải quan không thực hiện niêm phong hải quan đối với phương tiện chứa chất thải khi vận chuyển chất thải đến địa điểm khác ngoài khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất để xử lý. Trước khi bàn giao chất thải cho người vận chuyển, doanh nghiệp chế xuất thông báo với Chi cục Hải quan nơi quản lý biết thời gian bàn giao để Hải quan cử công chức đến làm nhiệm vụ kiểm tra giám sát.
Công chức Hải quan được giao nhiệm vụ kiểm tra, giám sát phải kiểm tra Giấy phép quản lý chất thải nguy hại, hợp đồng vận chuyển, xử lý chất thải; thực hiện giám sát đưa chất thải vào phương tiện vận chuyển chất thải, giám sát việc vận chuyển chất thải ra khỏi ranh giới khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất. Đồng thời, lập biên bản kiểm tra, giám sát có xác nhận của doanh nghiệp chế xuất, người vận chuyển chất thải.
