Mục tiêu đến năm 2020 của Chiến lược là đưa diện tích hệ thống khu rừng đặc dụng, khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa sẽ đạt 9% diện tích lãnh thổ trên cạn và 0,24% diện tích vùng biển Việt Nam. Bên cạnh đó, các khu rừng đặc dụng, khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa sẽ được tiếp cận các phương thức quản lý mới như đồng quản lý, chia sẻ lợi ích; Kiểm soát được các loài động thực vật hoang dã, nguy cấp, quý, hiếm trong khu rừng đặc dụng, khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa; bảo tồn và phát triển số lượng các loài quý, hiếm đang suy giảm và bị đe dọa tuyệt chủng; Thực hiện hiệu quả các cam kết quốc tế về bảo tồn thiên nhiên, đa dạng sinh học thông qua các chương trình, dự án, nâng cao năng lực quản lý rừng đặc dụng, khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa.
Đến năm 2030, hệ thống khu rừng đặc dụng, khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa sẽ được củng cố và phát triển để quản lý và bảo tồn có hiệu quả các hệ sinh thái tự nhiên quan trọng, các loài sinh vật, nguồn gen; bảo tồn và phát huy các giá trị cảnh quan thiên nhiên, di tích lịch sử - văn hóa, danh lam thắng cảnh; trở thành nhân tố quan trọng góp phần thích ứng với biến đổi khí hậu và các hiện tượng thiên tai cực đoan; thúc đẩy phát triển bền vững kinh tế - xã hội của đất nước; tăng cường hội nhập và hợp tác quốc tế.
Để đạt được những mục tiêu trên, Chiến lược đề ra các nhiệm vụ chính gồm: quy hoạch hệ thống khu rừng đặc dụng, khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa; xây dựng cơ chế chính sách; bảo vệ các loài động thực vật hoang dã; hoàn thiện hệ thống tổ chức; tăng cường nguồn nhân lực và tài chính; hợp tác bảo tồn thiên nhiên...
Chiến lược cũng đưa ra nhiều giải pháp thực hiện, cụ thể là hoàn thiện quy hoạch chi tiết các khu thành lập mới, trong đó đẩy nhanh tiến độ thực hiện quy hoạch chi tiết các khu bảo tồn biển đảm bảo đến năm 2015 hoàn thiện, lập hồ sơ trình cấp có thẩm quyền thành lập và đưa vào hoạt động 11 khu bảo tồn biển; rà soát, điều chỉnh quy hoạch chi tiết 5 khu bảo tồn biển hiện có gồm: Vịnh Nha Trang, Cù Lao Chàm, Phú Quốc, Cồn Cỏ, Núi Chúa; tập trung quy hoạch các khu bảo tồn vùng nước nội địa, đảm bảo đến năm 2015 hoàn thiện quy hoạch chi tiết và xây dựng hồ sơ trình cấp có thẩm quyền phê duyệt thành lập thêm 25 khu bảo tồn vùng nước nội địa; giai đoạn đến năm 2020 tiếp tục quy hoạch chi tiết các thủy vực, các khu bảo tồn còn lại; hoàn thiện quy hoạch chi tiết và xây dựng hồ sơ trình cấp có thẩm quyền phê duyệt thành lập thêm 15 khu bảo tồn vùng nước nội địa.
Cùng với đó là hoàn thiện cơ chế chính sách, tăng cường thực thi pháp luật; Tăng cường nguồn lực tài chính bền vững; Tăng cường nguồn nhân lực quản lý; Tăng cường hợp tác quốc tế; Đẩy mạnh công tác tuyên truyền bằng hình thức xây dựng và phổ biến rộng rãi Bản tin về các khu rừng đặc dụng, khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa Việt Nam ; lồng ghép nội dung này vào chương trình giảng dạy, chương trình ngoại khoá của các cấp giáo dục phổ thông...
