Sau 36 năm hình thành và phát triển, IMI đã trải qua nhiều bước thăng trầm, khó khăn. Giai đoạn 1997- 2008 thực sự mới là thời kỳ đổi mới và phát triển của IMI. Viện đã xác định hướng đi mới, với mục tiêu: khoa học phục vụ thị trường. Kết quả nghiên cứu được gắn kết với thực tiễn sản xuất, chuyển mô hình nghiên cứu từ nhiệm vụ do cấp trên giao sang mô hình nghiên cứu xuất phát từ nhu cầu của thị trường và cung câp trởã lại thị trường những sản phẩm công nghệ cao. Đồng thời, phát triển các loại hình đào tạo liên tục, nhằm phát triển năng lực và đội ngũ cán bộ theo kịp tiến trình phát triển KH và CN của thế giới. Mô hình “Nghiên cứu thị trường- Nhiệm vụ nghiên cứu - Hợp tác quốc tế để ứng dụng các công nghệ mới- Thiết kế các sản phẩm công nghệ cao- Sản xuất thử - Sản xuất công nghiệp- Thị trường” đã trở thành quan điểm chủ đạo trong hoạt động KHCN của IMI trong thời kỳ đổi mới.
Từ định hướng trên, trong 10 năm gần đây, các cán bộ khoa học của Viện đã nghiên cứu, thiết kế, chế tạo thành công cụm sản phẩm cơ điện tử với hơn 100 sản phẩm công nghệ cao, được ứng dụng rộng rãi trong sản xuất công nghiệp trên khắp mọi miền đất nước, mang lại giá trị doanh thu 1.000 tỷ đồng mỗi năm.
Sau gần 7 năm chuyển đổi thành doanh nghiệp KH và CN, thí điểm hoạt động theo mô hinh công ty mẹ- công ty con, IMI đã củng cố và phát triển được 9 trung tâm nghiên cứu, chuyển giao công nghệ, đào tạo (trong đó có 3 đơn vị hạch toán phụ thuộc) và 15 công ty thành viên. Các đơn vị thành viên trong mô hình công ty mẹ - công ty con đã góp phần quan trọng trong việc tạo ra sự phát triển nhanh, ổn định và bền vững của IMI.
Trong bối cảnh khó khăn của quá trình chuyển đổi mô hình viện nghiên cứu nói chung, IMI đã mạnh dạn đổi mới và đạt được một số kết quả cơ bản.
Một là, đã tạo dựng được nền móng để phát triển một ngành cơ khí mới (ngành cơ điện tử), có khả năng cạnh tranh và có hiệu quả kinh tế cao. IMI đã tự huy động vốn, sáng tạo kết hợp cơ khí với tự động hóa, điện tử, công nghệ thông tin, để tạo ra các sản phẩm cơ khí mới có tính linh hoạt cao (sản phẩm cơ điện tử), qua đó nâng cao được khả năng cạnh tranh của sản phẩm, chiếm lĩnh thị phần trong nước, tạo giá trị gia tăng lớn cho sản phẩm, mang lại hiệu quả kinh tế, nâng doanh thu bình quân của các kỹ sư từ 11 triệu đồng/người/năm lên hơn 2 tỷ đồng/người/năm. 51 sản phẩm cơ khí mới của IMI thuộc cụm công trình “Nghiên cứu, thiết kế, chế tạo cụm sản phẩm cơ điện tử trong công nghiệp” đã được tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh năm 2005.
Hai là, hình thành doanh nghiệp KH và CN đầu tiên ở Việt Nam, đi tiên phong trong việc chuyển đổi các tổ chức KH và CN sang hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp, gắn nghiên cứu khoa học với nghiên cứu chiến lược phát triển kinh tế nhằm tạo ra khả năng cạnh tranh của sản phẩm khoa học. Đa dạng hóa các giải pháp huy động vốn để đưa nhanh sản phẩm nghiên cứu vào sản xuất, gắn quyền lợi cán bộ khoa học và cán bộ công nhân viên lâu dài với sự phát triển của Viện và thành quả lao động của họ. Đồng thời, linh hoạt trong việc hỗ trợ các nhà khoa học góp vốn cổ phần tại các công ty thành viên của IMI. Xây dựng được cơ chế mới để chuyển giao sản phẩm khoa học vào sản xuất. Từ thành công nêu trên, Thủ tướng Chính phủ đã cho phép Viện chuyển đổi thành doanh nghiệp KH và CN, thí điểm mô hình công ty mẹ - công ty con theo Quyết định số 139/QĐ-TTg ngày 8.2.2002. Đây là quyết định đầu tiên của Chính phủ cho phép chuyển đổi một viện nghiên cứu sang hoạt động theo mô hình doanh nghiệp.
Ba là, đã chuyển đổi thành công IMI từ một Viện nghiên cứu cơ khí có quy mô nhỏ trở thành một Viện nghiên cứu hàng đầu về cơ điện tử, tạo dựng mô hình mới để gắn nghiên cứu với sản xuất và đào tạo công nghệ cao. Trong 10 năm, IMI đã duy trì và phát triển được 9 trung tâm nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, đào tạo trong lĩnh vực cơ điện tử, đã làm chủ được công nghệ mới và đã nghiên cứu, thiết kế, chế tạo thành công hơn 100 sản phẩm cơ điện tử, có khả năng cạnh tranh trong các lĩnh vực: máy công cụ công nghệ cao, chế biến nông sản, đo lường công nghiệp, xây dựng, kỹ thuật điện và bảo vệ môi trường. Đã xây dựng được các phòng thí nghiệm chuyên ngành theo từng lĩnh vực và làm chủ được một số công nghệ nguồn quan trọng trong lĩnh vực kỹ thuật số.
Vượt qua những khó khăn, khủng hoảng chung của ngành cơ khí, những rào cản hạn chế hoạt động của một Viện nghiên cứu trong cơ chế thị trường và trong khuôn khổ hạn hẹp của nguồn kinh phí đầu tư cho các đề tài khoa học, IMI đã trở thành doanh nghiệp KH và CN đi tiên phong (sớm gần 5 năm) trong việc chuyển đổi các tổ chức KH và CN công lập sang hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp. Đây sẽ là nền móng để IMI tiếp tục phát triển, trở thành một trong những doanh nghiệp KH và CN hàng đầu của Việt Nam.
