Đại diện Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam cho rằng: Việc kiểm dịch nhập khẩu của ngành thú y với các sản phẩm thủy sản đã qua chế biến hiện nay thực chất là công tác kiểm tra an toàn thực phẩm. Bởi đây là danh mục để cơ quan Hải quan có thể đối chiếu, xem xét các giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành để thông quan các lô hàng. Góp ý vào Dự thảo, đại diện Hiệp hội này cho rằng, đề xuất tại Dự thảo sẽ khiến hơn 80% số lượng sản phẩm nhập khẩu về để sản xuất xuất khẩu và gia công xuất khẩu thuộc danh mục miễn kiểm tra nhập khẩu về an toàn thực phẩm theo quy định tại Nghị định số 15/2018/NĐ-CP Quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật An toàn thực phẩm, sẽ phải kiểm dịch. Điều này không những tạo nên sự mâu thuẫn trong hệ thống pháp luật mà còn đi ngược với chỉ đạo của Chính phủ về tạo thuận lợi cho doanh nghiệp.
Hiện nay, sản phẩm thủy sản nhập khẩu được chia làm hai nhóm: Nhóm nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu và gia công xuất khẩu; Nhóm nhập khẩu để tiêu thụ nội địa. Đối với nhóm nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu và gia công xuất khẩu, hiện các cơ quan chức năng đang áp dụng hình thức kiểm tra hồ sơ và kiểm tra cảm quan (bao gói, ghi nhãn, ngoại quan) 100% lô hàng nhập khẩu. Khi có nghi ngờ thì thực hiện lấy mẫu kiểm tra các chỉ tiêu vệ sinh thú y theo quy định trong Thông tư số 36/2018 sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 26/2016/TT-BNNPTNT quy định về kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật thủy sản.
Theo phản ánh của doanh nghiệp thủy sản thì bản chất của hoạt động này chính kiểm tra các chỉ tiêu an toàn thực phẩm. Trong khi nếu xếp đúng việc kiểm tra nhập khẩu nhóm hàng này là kiểm tra an toàn thực phẩm, được quy định tại Khoản 7, Điều 13 Nghị định số 15/2018/NĐ-CP. Theo quy định trên, nhóm hàng này thuộc danh mục được miễn kiểm tra về an toàn thực phẩm nhập khẩu.
Đồng tình với góp ý trên, Hiệp hội Thương mại Hoa Kỳ tại Việt Nam (AmCham Việt Nam) cũng cho rằng: Cần đơn giản hóa danh mục kiểm dịch động vật theo tinh thần của Nghị quyết số 19/2018/NQ-CP của Chính phủ: Về tiếp tục thực hiện những nhiệm vụ, giải pháp chủ yếu cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia năm 2018 và những năm tiếp theo. Trong văn bản góp ý Dự thảo, AmCham Việt Nam cho rằng: Theo những đề xuất tại Dự thảo thì bất cứ sản phẩm gì được sản xuất hay chế biến từ động vật đều quy thành “sản phẩm có nguồn gốc động vật” dẫn đến việc áp dụng kiểm dịch quá rộng nằm ngoài phạm vi của Luật Thú y. Hơn nữa, kiểm dịch thực phẩm có nguồn gốc động vật bao gói sẵn hiện nay hoàn toàn trùng với kiểm tra an toàn thực phẩm, do cùng kiểm tra các vi sinh vật như E. Coli, Salmonella và không đúng với quy định của Tổ chức Thú y Thế giới (OIE). Như vậy, cùng một sản phẩm nhưng chịu 2 lần kiểm tra ở hai bộ khác nhau gây tốn kém cho doanh nghiệp và chi phí cho chính cơ quan quản lý.
Từ thực tế hoạt động sản xuất kinh doanh và kinh nghiệm quốc tế AmCham Việt Nam đề xuất áp dụng quản lý rủi ro; đồng thời gợi ý một số phương án như bỏ một số mặt hàng khỏi danh mục kiểm dịch để phù hợp với định nghĩa trong Luật Thú y; yêu cầu ghi chú các sản phẩm động vật chưa qua chế biến xử lý nhiệt về phạm vi áp dụng và miễn trừ các sản phẩm xử lý nhiệt.