Theo đó, vùng kinh tế trọng điểm Đồng bằng sông Cửu Long có điểm số tốt nhất, đạt 94 điểm với chi phí trung bình 1,23 triệu đồng/lượt, trong khi vùng khác (không thuộc các vùng kinh tế trọng điểm) có điểm APCI thấp nhất với 61,4 điểm, với mức chi phí trung bình 7,73 triệu đồng/lượt. Chi cục Hải quan Bình Định là nơi có thực tiễn xử lý thủ tục hành chính liên quan đến Giao dịch thương mại qua biên giới tốt nhất với mức chi phí 0,31 triệu đồng/lượt.
Trong tổng số 275 doanh nghiệp tham gia khảo sát, có 48,7% doanh nghiệp tự thực hiện các thủ tục liên quan đến Giao dịch thương mại qua biên giới, và 51,3% doanh nghiệp thực hiện thuê đơn vị trung gian để đại diện thực hiện các bước trực tiếp tại cảng/cửa khẩu. Với sự chuyên nghiệp của mình, thông thường đơn vị tư vấn chỉ mất tối đa 4 giờ để hoàn thiện thủ tục; trong khi đó, hơn 50% doanh nghiệp tự thực hiện mất dưới 12 giờ.
APCI cũng cho thấy, tính bình quân thời gian của tất cả doanh nghiệp tự thực hiện thủ tục hành chính về hải quan và thủ tục liên quan đến logistics thì thời gian doanh nghiệp dành để tìm hiểu thông tin là 1,3 giờ/thủ tục hành chính. Tuy nhiên, chỉ có 62% tổng số doanh nghiệp là có dành thời gian thực hiện bước này, những doanh nghiệp còn lại thường là đã quen với thủ tục hành chính hoặc có sử dụng dịch vụ tư vấn để thực hiện thủ tục hành chính. Theo chia sẻ từ các doanh nghiệp đã thực hiện, thời gian thực tế làm việc với các bộ hải quan chỉ khoảng từ 15 - 30 phút, còn lại chủ yếu là thời gian đi lại, chờ đợi và làm thủ tục với các bên dịch vụ logistics để lấy hàng.
Các chi phí trực tiếp trong nhóm thủ tục hành chính liên quan đến Giao dịch thương mại qua biên giới có thể bao gồm: lệ phí tờ khai hải quan 20.000 đồng/tờ khai, chi phí dịch vụ logistics để hoàn thành việc thông quan, lấy hàng. Chi phí dịch vụ logistics bao gồm: phí nâng hàng, phí hạ hàng, phí hạ tầng, phí cân hàng, phí cầu đường, phí bến bãi, phí vận chuyển hàng hóa, phí bốc xếp hàng hóa… tùy thuộc vào khối lượng hàng hóa và địa điểm thông quan. Theo phản ánh của doanh nghiệp, thực hiện thủ tục hành chính ở Điện Biên là phát sinh ít chi phí trực tiếp nhất (20.000 đồng); có 7% các doanh nghiệp được khảo sát cho rằng có chi phí không chính thức, thường phát sinh ở khâu làm giấy chứng nhận chuyên ngành, khâu kiểm tra hồ sơ, quá trình làm việc tại cảng, cửa khẩu.
Thực tế, chỉ số Giao dịch thương mại qua biên giới chịu tác động của nhiều yếu tố và nhiều cơ quan, đơn vị có liên quan. Bên cạnh vai trò của Hải quan, cơ quan kiểm tra chuyên ngành thì các đơn vị quản lý, kinh doanh cảng, vận tải, logistics đóng vai trò rất quan trọng trong việc cải thiện chỉ số. Chính vì lẽ đó, bên cạnh sự phối hợp đồng bộ, các cơ quan liên quan đến nhóm thủ tục hành chính này còn nhiều việc phải làm. Bao gồm từ việc công khai các thông tin hướng dẫn về quy trình thực hiện thủ tục hải quan và vận hành hiệu quả hơn đường dây nóng hỗ trợ doanh nghiệp; chuẩn hóa quy trình phân luồng hàng hóa, kê khai hải quan, kiểm tra hàng hóa…; đến rà soát, giảm chi phí vận tải (chi phí dịch vụ tại cảng, phí và lệ phí sử dụng hạ tầng trong vận tải nội địa, cầu đường, bến bãi…). Đặc biệt là đẩy mạnh áp dụng thanh toán trực tuyến trong hoạt động thu phí dịch vụ, phí, lệ phí liên quan nhằm giảm thời gian làm thủ tục, tạo thuận lợi cho doanh nghiệp.
