Theo quy định, phiên họp toàn thể là diễn đàn tối cao của DPR. Tuy nhiên, các phiên họp toàn thể chỉ mang tính lễ nghi và hợp thức hóa những quyết sách đã được bàn và quyết ở các cơ quan khác của DPR. Các phiên hỏi - đáp, chất vấn trước toàn thể Hạ viện như ở nhiều nước không hề có chỗ ở DPR, mà hoạt động giám sát chính phủ của DPR diễn ra ở các diễn đàn khác như các Ủy ban, Ủy ban đặc biệt.
Quy chế hoạt động của DPR dành riêng một chương nói về quy trình, thủ tục ra quyết định, theo đó, các quyết định được đưa ra trong tất cả các cuộc họp trong DPR, từ phiên họp toàn thể đến họp Ủy ban đều cần dựa trên nguyên tắc đồng thuận. Chỉ khi đã qua nhiều lần thương lượng mà không thể đi đến sự nhất trí giữa các nghị sỹ, lúc đó mới dùng đến biểu quyết. Nhưng dù bằng đồng thuận hay qua biểu quyết, các quyết định được đưa ra ở bất kỳ cuộc họp nào trong Hạ viện đều có tính chất bắt buộc đối với tất cả các bên liên quan.
Nguyên tắc đồng thuận này cũng được thể hiện trong ban lãnh đạo của Hạ viện Indonesia gồm có Chủ tịch Hạ viện và số lượng các Phó chủ tịch tùy thuộc vào số lượng các nhóm đảng lớn trong Hạ viện. Ban lãnh đạo dạng này được Quy chế hoạt động của Hạ viện gọi là “sự lãnh đạo có tính tập thể” đại diện cho sự đồng thuận tập thể của các xu hướng chính trị khác nhau trong cơ quan này.
Một cơ quan rất có quyền lực của DPR là Ủy ban điều hành (Streering Committee) nhiều nhất có 100 thành viên đại diện cho các nhóm đảng. Đây được coi là DPR mini, nơi các thành viên chủ chốt của các nhóm đảng bàn luận và xác định các ưu tiên trong hoạt động của DPR. Theo lời của một nghị sỹ, Ủy ban điều hành “kiểm soát dòng chảy” của Hạ viện, nơi quyết định dự luật nào đưa vào chương trình, đưa lúc nào, Ủy ban thường trực nào sẽ thẩm tra dự luật nào, có thành lập Ủy ban điều tra đặc biệt không… Một lần nữa, ở đây chúng ta có thể nhận thấy nguyên tắc đồng thuận nói ở trên.
Hệ thống Ủy ban thường trực của Hạ viện Indonesia có 9 ủy ban, là các cơ quan làm việc then chốt của DPR, bởi lẽ mọi hoạt động có tính thực chất đều diễn ra ở đây, đặc biệt là thẩm tra các dự luật, dự toán ngân sách, giám sát chính phủ. Mỗi Ủy ban có thể thành lập nhiều nhất 3 Tiểu ban, mỗi hạ nghị sỹ phải là thành viên của một Ủy ban và một Tiểu ban. Thành phần của các Ủy ban được xác định vào đầu mỗi nhiệm kỳ của DPR và theo tỷ lệ của các nhóm đảng trong DPR. Mỗi Ủy ban có khoảng 60 thành viên. Nguyên tắc đồng thuận cũng là cách làm việc then chốt ở các ủy ban.
Những người ủng hộ nguyên tắc đồng thuận cho rằng, đây là cách quyết định truyền thống ở Indonesia nhằm bảo đảm mọi bên đều hài lòng với quyết định và những đảng nhỏ không cảm thấy họ bị gạt ra rìa. Tuy nhiên, những người khác cũng nhận xét, nguyên tắc đồng thuận này khiến cho nhiều lúc quá trình ra quyết định diễn ra rất chậm chạp, thậm chí có người hài hước nói, “chẳng qua đạt được đồng thuận vì đã quá mệt mỏi”.
