Theo số liệu của Tổng cục Hải quan, đến hết quý I.2012, nợ đọng thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu khoảng trên 5 ngàn tỷ đồng, nhưng công tác thu hồi đang gặp nhiều khó khăn.
Theo Cục Thuế xuất nhập khẩu, Tổng cục Hải quan, tính đến hết quý I.2012, nợ đọng thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu khoảng trên 5 ngàn tỷ đồng. Tính đến giữa tháng 3, có 8.465 doanh nghiệp nợ thuế hải quan quá hạn (tăng 6,04% so với thời điểm 31.12.2011) và qua báo cáo sơ bộ từ các Cục Thuế địa phương, có khoảng trên dưới 100 doanh nghiệp nợ thuế đã bỏ trốn, tập trung chủ yếu ở địa bàn phía Nam.
Cóá không ít quy định trong các văn bản luật đã gây khó khăn cho công tác đôn đốc, thu đòi nợ thuế tồn đọng, đặc biệt là các khoản nợ từ các năm trước thời điểm 1.7.2007. Ví dụ, Luật Thuế xuất nhập khẩu hiệu lực thi hành từ năm 2006, cho phép doanh nghiệp được nợ thuế mà không ràng buộc điều kiện (phải là doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật thuế) và không quy định nộp thuế theo thứ tự, nên hiện nay tồn đọng các khoản nợ của doanh nghiệp tự ngừng hoạt động, bỏ trốn khỏi địa chỉ đăng ký kinh doanh.
Theo các chuyên gia, do quy định điều kiện thành lập doanh nghiệp tại Luật Doanh nghiệp còn dễ dàng và nhiều sơ hở nên bị doanh nghiệp lợi dụng. Nhiều trường hợp người đứng tên chủ doanh nghiệp là người được mượn tên chứ không phải là người đầu tư vốn nên không có năng lực về tài chính, kinh tế, thậm chí nhiều người không có nhà cửa, tài sản hoặc là chủ doanh nghiệp cố tình lẩn trốn pháp luật, doanh nghiệp giải thể, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký... dẫn đến cơ quan Hải quan không thể thu hồi nợ thuế. Cũng theo quy định của Luật Doanh nghiệp, việc giải thể doanh nghiệp chỉ được thực hiện khi doanh nghiệp bảo đảm thanh toán hết các khoản nợ và nghĩa vụ tài chính khác. Tuy nhiên, thực tế có nhiều doanh nghiệp không thực hiện đúng quy định, không thông báo cho cơ quan Nhà nước có thẩm quyền và các chủ nợ, đến khi cơ quan Hải quan phát hiện thì doanh nghiệp đã tự giải thể, không còn hoạt động, tài sản của doanh nghiệp không còn hoặc đã thế chấp tại ngân hàng.
Trong khi đó, các biện pháp cưỡng chế theo quy định của Luật Quản lý thuế chỉ có thể thực hiện hiệu quả đối với các doanh nghiệp đang còn hoạt động, khó thực hiện đối với doanh nghiệp cố tình chây ỳ, bỏ trốn và khi thực hiện tuần tự các biện pháp dễ dẫn đến trường hợp doanh nghiệp tìm cách đối phó như tẩu tán tài sản và bỏ trốn.
Để tăng cường công tác quản lý và xử lý nợ thuế, Tổng cục Hải quan đang kiến nghị Chính phủ, Quốc hội cho sửa đổi, bổ sung một số điều liên quan đến quản lý nợ thuế được quy định trong Luật Hải quan, Luật Quản lý thuế. Theo đó, thời hạn nộp thuế theo hướng yêu cầu doanh nghiệp nộp thuế trước khi nhận hàng hoặc phải có bảo lãnh nộp thuế. Đồng thời, đề nghị các cấp có thẩm quyền xóa nợ tiền thuế và tiền phạt các khoản nợ phát sinh đã quá 10 năm do khách quan; bổ sung các trường hợp xóa nợ tiền thuế, tiền phạt đối với các khoản nợ quá 10 năm đã thực hiện các biện pháp cưỡng chế để thu đòi nợ thuế nhưng khó thu hồi. Tăng cường các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế theo hướng áp dụng linh hoạt các biện pháp cưỡng chế để tăng tính chủ động cho cơ quan Hải quan trong thu hồi nợ thuế.