Trước đó, VASEP đã nhận được nhiều phản ánh từ các doanh nghiệp về việc gặp vướng mắc về thuế thu nhập doanh nghiệp được quy định tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27.2.2015 và Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22.6.2015. Theo đó, hai văn bản này đã áp dụng quy định hải sản từ “chế biến” sang “sơ chế”. Thay đổi này đã khiến doanh nghiệp thủy sản không được hưởng ưu đãi thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp.
Cụ thể, hiện nhiều doanh nghiệp thủy sản đang bị áp mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp cho hàng thủy sản là sơ chế với mức thuế doanh nghiệp 20% trong khi các mặt hàng đầu ra của các doanh nghiệp này đa số là các sản phẩm đã qua chế biến, được phép áp dụng mức thuế suất doanh nghiệp là 10% (điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn) hoặc 15% theo Khoản 5, Điều 11 và Khoản 1, Điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22.6.2015 của Bộ Tài chính (hướng dẫn quy định tại Khoản 2, Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12.2.2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các nghị định về thuế).
Điều đáng nói, hiện chưa có văn bản quy phạm pháp luật có cơ sở vững chắc thế nào là sơ chế, và thế nào là chế biến, chưa giải thích được sản phẩm như thế nào sẽ được coi là “sản phẩm khác với nguyên liệu đầu vào”.
Việc áp mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp cho hàng thủy sản là sơ chế với mức thuế thu nhập doanh nghiệp 20% trong khi các mặt hàng đầu ra của các doanh nghiệp này đa số là các sản phẩm đã qua chế biến đang gây nhiều bất cập và không phù hợp với thực tiễn. Cho tới nay, hoạt động chế biến của các doanh nghiệp thủy sản gồm 3 dạng: Chế biến từ sản phẩm tươi sống để xuất khẩu; chế biến từ sản phẩm tươi sống thành sản phẩm chín và chế biến từ nguyên liệu có pha trộn gia vị phụ liệu để ra hàng giá trị gia tăng.
Tuy nhiên, khi quyết toán thuế hoặc thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp chế biến thủy sản, các sản phẩm của cả ba dạng chế biến trên đều không được các cơ quan ngành thuế công nhận là sản phẩm “chế biến” mà chỉ là "sơ chế”. Điều bất cập này khiến tỷ lệ phải nộp thuế của các doanh nghiệp thủy sản hiện tại (bao gồm cả sản phẩm sản xuất xuất khẩu, tiêu thụ nội địa hay gia công) đều là 20%. Đó là chưa kể các sản phẩm thủy sản đều trải qua các công đoạn chế biến, cấp đông, bảo quản sau cấp đông đòi hỏi doanh nghiệp phải đầu tư rất nhiều chi phí để có được công nghệ tiên tiến.
Thực tế cho thấy, trong khi hoạt động xay xát, đánh bóng gạo gắn liền với quá trình sản xuất gạo bằng cách tách vỏ trấu, xay xát, đánh bóng gạo, được xác định thuộc mã ngành 10611 xay xát, thuộc nhóm C: Công nghiệp chế biến, chế tạo theo Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam thì được xác định là hoạt động chế biến nông sản; nhưng chế biến thủy sản (lột vỏ tôm, rút tim, lạng da cá, phi lê/cắt khúc, rút xương, phân cỡ, rửa làm sạch, ngâm phụ gia, hấp/chiên (hoặc không hấp/chiên), cấp đông, đóng gói, bảo quản đông lạnh -18 độ C...) thuộc mã ngành 10201 cùng thuộc nhóm C: Công nghiệp chế biến, chế tạo thì không được cho là chế biến thủy sản mà là hoạt động sơ chế.
Điều này tạo nên mất công bằng giữa hoạt động chế biến của hai ngành nghề: Gạo và thủy sản. Được biết, liên quan vấn đề này, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn cũng đã có Văn bản số 4476 gửi Bộ Tài chính đề nghị xử lý vướng mắc trong việc áp thuế đối với sản phẩm thủy sản “chế biến” và “sơ chế”.
Rõ ràng vướng mắc của doanh nghiệp thủy sản là có thật và có cơ sở. Tuy nhiên, nếu nhìn ở góc độ quy định về lấy ý kiến dự thảo văn bản quy phạm pháp luật đối với các đối tượng liên quan, thì không rõ văn bản này đã bỏ lọt ở khâu nào? Cơ quan ban hành không lấy, chưa lấy ý kiến, hoặc đã lấy ý kiến rồi mà doanh nghiệp, hiệp hội doanh nghiệp "bỏ qua"? Hay chăng, đây cũng là "kinh nghiệm" để doanh nghiệp, hiệp hội doanh nghiệp “để ý” hơn đến quá trình lấy ý kiến dự thảo, để tránh trường hợp khi thi hành rồi mới tá hỏa quyền lợi của mình bị ảnh hưởng.
